WHO專家會議經過五小時討論，於台北時間28日凌晨四時作成決議，建議將疫情等級提升為第四級。WHO幹事長立即接受並對外宣布。我國即時依原定計畫成立「中央流行疫情指揮中心」，本縣同步應變中心啟動因應相關作為：小三通進出口監測、醫院啟動發燒篩檢中心、自主健康管理政策啟動、醫療院所加強監視通報、教育訓練、醫院感染控制作業、物資整備、模擬演習、疫情諮詢專線電話083622095轉220-224、24小時諮詢專線電話0919280024。本縣亦儲備充足防疫物資及流感抗病毒藥劑「克流感及瑞樂沙」供符合條件之民眾使用，全縣各醫療院所亦可執行初步之快速流行性感冒Ａ、Ｂ型篩檢，以利即時掌握傳染源，H1N1新型流感、全球警戒、返國後、疑似症狀請盡速就醫通報，防止傳染病爆發流行。

衛生局指出有關H1N1新型流感列入第一類法定傳染病，已請全縣各醫療機構於門、急診服務時，發現個案有類流感症狀，且有相關疫情國家或地區旅遊史、接觸史等，除採集相關檢體，開立抗病毒藥劑處方外，應於24小時內通報當地衛生主管機關或上網通報至疾病管制局之傳染病個案通報系統，對於輕症病患，應教導其返家居家隔離直至得知檢驗結果，居家隔離期間，病患應注意衛生習慣並儘量戴口罩，以避免傳染同住家人；如病患狀況嚴重需住院治療或檢驗發現為H1N1新型流感陽性，則由醫院或地方衛生單位安排隔離治療。另醫護人員在執行相關醫療行為時，應加強落實感染控制措施，以避免造成院內傳染之疫情。

衛生局提醒地區民眾有自疫情發生之地區返國後如有發燒或類流感等臨床症狀時，除應配戴口罩儘速就醫外，並應告訴醫護人員其相關旅遊接觸史，以利醫師診治，必要時衛生單位人員將指導進行自主健康管理措施或隔離治療。

由於國內尚未出現病例，衛生局表示，目前工作重點仍在「境外阻絕」，亦即提昇旅遊警示，建議民眾盡量避免至疫區旅行，並加強邊境檢疫的工作。但由於流感擴散速度極快，國內隨時可能出現病例，因此也會作最壞的打算，同時依連江縣「因應流感大流行策略計畫」啟動整備工作。目前各國最新疫情為墨西哥病例近3千人，死亡149例。美國確診五州40例，惟除一例住院外均為輕症。加拿大確診6例，西班牙1例，英國2例。